Οργανισμοί-στόχοι είναι το σύνολο των οργανισμών που είναι επιβλαβείς στις καλλιέργειες, όπως:

• Βακτήρια
• Μύκητες
• Φυτικοί οργανισμοί
  • παρασιτικά φυτά
  • ζιζάνια
• Ζωικοί οργανισμοί
  • έντομα
  • ακάρεα
  • νηματώδεις
  • σαλιγκάρια και γυμνοσάλιαγκες

Όταν διερευνώνται χαρακτηριστικά που αφορούν τις επιδράσεις στις καλλιέργειες (φυτοτοξικότητα, απόδοση, κλπ.) τότε ως οργανισμοί-στόχοι μπορούν να θεωρηθούν και οι ίδιες οι καλλιέργειες.

Ακόμη, ως οργανισμοί-στόχοι μπορούν να θεωρηθούν και έντομα υγειονομικής σημασίας.